埃博拉病毒为不分节段的单股负链RNA病毒,有包膜，根据发现地点的不同可分为5个亚型:1976年首次在扎伊尔[现刚果(金)]发现的扎伊尔型埃博拉病毒，1976年首次在苏丹南部地区发现的苏丹型埃博拉病毒，1989年首次在美国莱斯顿的食蟹猴中分离到的莱斯顿型埃博拉病毒，1994年首次在科特迪瓦的塔伊森林发现的塔伊森林型埃博拉病毒和2007年首次在刚果(金)的本迪布焦地区发现的本迪布焦型埃博拉病毒5。其中，扎伊尔型埃博拉病毒、苏丹型埃博拉病毒、本迪布焦型埃博拉病毒和塔伊森林型埃博拉病毒四个病毒亚型对人类具有致病性,且毒力各不相同:本迪布焦型埃博拉病毒感染的致死率约为40%;苏丹型埃博拉病毒感染的致死率约为50%;而扎伊尔型埃博拉病毒感染的致死率最高，为70%~90%;塔伊森林型埃博拉病毒感染的致死率目前尚不清楚，历史上仅有1例报告。而莱斯顿型埃博拉病毒仅在非人类灵长类动物中引发疾病和死亡[58]。扎伊尔型埃博拉病毒亚型主要分布于加蓬、刚果(布)、刚果(金)、乌干达和2014年出现暴发疫情的利比里亚、几内亚、塞拉利昂和尼日利亚;苏丹型埃博拉病毒亚型主要分布于苏丹南部地区和乌干达地区;本迪布焦型埃博拉病毒亚型则分布于乌干达和刚果(金)地区;塔伊森林型埃博拉病毒亚型仅从科特迪瓦的1例患者体内分离到。

      每次埃博拉病毒病疫情的发生都有其特定的病毒亚型(图3-4-3)，而以扎伊尔型埃博拉病毒亚型引起的暴发疫情最为频繁，除乌干达、刚果(金)曾发生不同病毒亚型感染的疫情外,非洲其他国家和地区均只发生了这一种病毒亚型的暴发疫情。乌干达虽先后出现了扎伊尔型埃博拉病毒、本迪布焦型埃博拉病毒和苏丹型埃博拉病毒三个病毒亚型感染的疫情，刚果(金)虽先后出现了扎伊尔型埃博拉病毒和本迪布焦型埃博拉病毒两个亚型感染的疫情，但这两个国家发生的暴发疫情仍以扎伊尔型埃博拉病毒亚型为主。